COMPARISON BETWEEN AUTOMATED SYSTEM AND PCR-BASED METHOD FOR IDENTIFICATION AND ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY PROFILE OF CLINICAL Enterococcus spp / Comparação entre o sistema automatizado e PCR na identificação e susceptibilidade de isolados clínicos de Enterococcus spp

Enterococci are increasingly responsible for nosocomial infections worldwide. This study was undertaken to compare the identification and susceptibility profile using an automated MicrosScan system, PCR-based assay and disk diffusion assay of Enterococcus spp. We evaluated 30 clinical isolates of Enterococcus spp. Isolates were identified by MicrosScan system and PCR-based assay. The detection of antibiotic resistance genes (vancomycin, gentamicin, tetracycline and erythromycin) was also determined by PCR. Antimicrobial susceptibilities to vancomycin (30 µg), gentamicin (120 µg), tetracycline (30 µg) and erythromycin (15 µg) were tested by the automated system and disk diffusion method, and were interpreted according to the criteria recommended in CLSI guidelines. Concerning Enterococcus identification the general agreement between data obtained by the PCR method and by the automatic system was 90.0% (27/30). For all isolates of E. faecium and E. faecalis we observed 100% agreement. Resistance frequencies were higher in E. faecium than E. faecalis. The resistance rates obtained were higher for erythromycin (86.7%), vancomycin (80.0%), tetracycline (43.35) and gentamicin (33.3%). The correlation between disk diffusion and automation revealed an agreement for the majority of the antibiotics with category agreement rates of > 80%. The PCR-based assay, the van(A) gene was detected in 100% of vancomycin resistant enterococci. This assay is simple to conduct and reliable in the identification of clinically relevant enterococci. The data obtained reinforced the need for an improvement of the automated system to identify some enterococci.

Os enterococos são cada vez mais responsáveis por infecções hospitalares em todo o mundo. Este estudo foi realizado para comparar a identificação e perfil de suscetibilidade entre o sistema automatizado MicrosScan e a técnica molecular de PCR em espécies de Enterococcus spp. Foram avaliados 30 isolados clínicos de Enterococcus spp. Os isolados foram identificados pelo sistema MicrosScan® e pela técnica de PCR. A detecção de genes de resistência a antibióticos (vancomicina, gentamicina, tetraciclina e eritromicina) foi determinada por PCR. Suscetibilidades antimicrobianas à vancomicina (30 µg), gentamicina (120 µg), tetraciclina (30 µg) e eritromicina (15 µg), foram testados pelos métodos automatizados e pelo disco difusão, de acordo com as orientações do CLSI. No que diz respeito à identificação de Enterococcus em geral entre os dados obtidos pelo método de PCR e pelo sistema automático foi de 90,0% (27/30). Para todos os isolados de E. faecium e E. faecalis observamos concordância de 100%. Freqüências de resistência foi maior em E. faecium do que em E. faecalis. As taxas de resistência obtidas foi maior para eritromicina (86,7%), vancomicina (80,0%), tetraciclina (43,35%) e gentamicina (33,3%). A correlação entre a técnica de disco difusão e automação revelou-se de acordo para maioria dos antibióticos com taxas > 80%. O gene van(A) foi detectado em 100% dos Enterococcus resistentes á vancomicina. O ensaio baseado em PCR é de simples realização e de confiança para identificação de enterococos clinicamente relevantes. Os dados obtidos reforçam a necessidade de melhoria no sistema automatizado para identificar alguns enterococos.

Microbiological, physical, chemical and sensory characteristics of milk fermented with Lactobacillus plantarum / Caracterização microbiológica, físico-química e sensorial de leite fermentado com Lactobacillus plantarum

This study developed a fermented milk with Lactobacillus plantarum and evaluated its microbiological, physical-chemical and sensory characteristics during 70 days of storage at 10ºC. The study analyzed the counts of total viable cells, total and thermotolerant coliforms, yeast and mold; acidity, pH, ash, fat and total solids; sensory evaluation and purchase intention of the final product by consumers. Nutrition information was compared with seven commercial brands of fermented dairy products. The final formula contained 10% sugar, 6% milk powder and 4% microbial inoculum. The final product was fat-free. Acidity, ash content and total solids were stable during storage, unlike pH. No total or thermotolerant coliforms, yeast or mold were detected. L. plantarum counts ranged from 10.1 Log10 CFU mL-1 at the beginning to 8.9 Log10 CFU mL-1 at the end of the storage period. The product had good acceptance and high purchase intent. The nutrition information of fermented milk was similar to those of commercial brands evaluated. L. plantarum demonstrated good viability in fermented milk, and although not considered a probiotic food in Brazil, it is promising for the production of foods with functional properties and/or health claims.

Desenvolveu-se uma formulação de leite fermentado com Lactobacillus plantarum e avaliou-se seu comportamento microbiológico, físico -químico e sensorial durante 70 dias de armazenamento em refrigeração. Foi analisada a contagem total de células viáveis de Lactobacillus plantarum, coliformes totais e termotolerantes, e bolores e leveduras; acidez titulável, pH, teor de cinzas, gordura e extrato seco total; análise sensorial e intenção de compra do produto final. A informação nutricional do produto foi elaborada e comparada a sete leites fermentados. A formulação final conteve 10% de açúcar, 6% de leite em pó e 4% de inóculo microbiano. O produto final foi isento de gordura. A acidez, os teores de cinzas e o extrato seco total foram estáveis durante a estocagem, diferentemente do pH. Não foi detectada a presença de coliformes totais e termotolerantes, bolores e leveduras. A contagem do L. plantarum variou de 10,1 a 8,9 Log10 UFC mL-1, no início e final da estocagem. Obteve-se boa aceitação e intenção de compra do produto final. A informação nutricional do leite fermentado foi semelhante às marcas comerciais avaliadas. L. plantarum apresentou boa viabilidade em leite fermentado, e, embora não seja considerado um alimento probiótico no Brasil, o mesmo é promissor na produção de alimentos com propriedades funcionais e/ou de saúde.

Species distribution and in vitro fluconazole susceptibility of clinical Candida isolates in a Brazilian tertiary-care hospital over a 3-year period / Distribuição de espécies e suscetibilidade in vitro ao fluconazol de isolados clínicos de Candida em um hospital terciário brasileiro num período de três anos

INTRODUCTION: In this study, we aimed at identifying Candida isolates obtained from blood, urine, tracheal secretion, and nail/skin lesions from cases attended at the Hospital Universitário de Londrina over a 3-year period and at evaluating fluconazole susceptibilities of the isolates. METHODS: Candida isolates were identified by polymerase chain reaction (PCR) using species-specific forward primers. The in vitro fluconazole susceptibility test was performed according to EUCAST-AFST reference procedure. RESULTS: Isolates were obtained from urine (53.4 percent), blood cultures (19.2 percent), tracheal secretion (17.8 percent), and nail/skin lesions (9.6 percent). When urine samples were considered, prevalence was similar in women (45.5 percent) and in men (54.5 percent) and was high in the age group >61 years than that in younger ones. For blood samples, prevalence was high in neonates (35 percent) and advanced ages (22.5 percent). For nail and skin samples, prevalence was higher in women (71.4 percent) than in men (28.6 percent). Candida albicans was the most frequently isolated in the hospital, but Candida species other than C. albicans accounted for 64 percent of isolates, including predominantly Candida tropicalis (33.2 percent) and Candida parapsilosis (19.2 percent). The trend for non-albicans Candida as the predominant species was noted from all clinical specimens, except from urine samples. All Candida isolates were considered susceptible in vitro to fluconazole with the exception of isolates belonging to the intrinsically less-susceptible species C. glabrata. CONCLUSIONS: Non-albicans Candida species were more frequently isolated in the hospital. Fluconazole resistance was a rare finding in our study.

INTRODUÇÃO: Neste estudo objetivamos a identificação de isolados de Candida obtidos de sangue, urina, secreção traqueal e de lesões de unha/pele, de casos atendidos no Hospital Universitário de Londrina num período de três anos. Avaliamos também a suscetibilidade dos isolados ao fluconazol. MÉTODOS: Os isolados de Candida foram identificados pela reação em cadeia da polimerase (RCP) usando oligonucleotídeos iniciadores espécie-específicos. O teste de suscetibilidade in vitro ao fluconazol foi realizado segundo o procedimento de referência EUCAST-AFST. RESULTADOS: Isolados foram obtidos de urina (53,4 por cento), sangue (19,2 por cento), secreção traqueal (17,8 por cento) e lesões de unha/pele (9,6 por cento). Considerando as amostras de urina, a prevalência foi similar em mulheres (45,5 por cento) e em homens (54,5 por cento) e foi alta no grupo de idade > 61 anos do que em grupos mais jovens. Para amostras de sangue a prevalência foi alta em neonatos (35 por cento) e idades avançadas (22,5 por cento). Para amostras de unha e pele a prevalência foi maior em mulheres (71,4 por cento) do que em homens (28,6 por cento). Candida albicans foi a mais frequentemente isolada no hospital, mas outras espécies de Candida corresponderam a 64 por cento dos isolados, incluindo predominantemente Candida tropicalis (33,2 por cento) e Candida parapsilosis (19,2 por cento). A tendência de Candida não-albicans como espécie predominante foi observada para todas as amostras clínicas, exceto para amostras de urina. Todos isolados de Candida foram considerados suscetíveis, in vitro, ao fluconazol com exceção dos isolados pertencentes às espécies intrinsecamente menos suscetíveis C. glabrata. CONCLUSÕES: Espécies de Candida não-albicans foram mais frequentemente isoladas no hospital. Resistência ao fluconazol foi rara no nosso estudo.

Condições higiênico-sanitárias, qualidade microbiológica e teste de susceptibilidade antimicrobiana de cepas isoladas de sanduíches comercializados por ambulantes / Hygienic-sanitary condition, microbiological quality and antimicrobialsusceptibility of isolated strains from sandwiches sold in street markets

As condições higiênico-sanitárias e a qualidade microbiológica de locais de venda ambulantes que comercializam sanduíches em Londrina-PR foram investigadas neste estudo; as bactérias isoladas foram testados por meio de ensaios de sensibilidade a antimicrobianos. As condições higiênico-sanitárias foram analisadas em 47 pontos de venda de sanduíches tipo cachorro-quente e “cheese”, na cidade de Londrina, PR. Foram coletados aleatoriamente 20 sanduíches para análises microbiológicas, em que foi determinada a presença de bactérias mesófilas aeróbias estritas e facultativas, Staphylococcus aureus, coliformes a 35ºC e coliformes termotolerantes, Escherichia coli e Salmonella spp. Os micro-organismos isolados foram avaliados quanto à sensibilidade a antibióticos. As condições higiênico-sanitárias foram inadequadas em 79,2% dos itens avaliados. Todos os sanduíches estavam contaminados por bactérias mesófilas, coliformes a 35ºC e termotolerantes, e 45% por E. coli. S. aureus foi isolado de 55% das amostras, e em 25% os valores estavam acima do permitido pela legislação. Salmonella spp não foi detectada. A maioria dos isolados de E.coli e S. aureus foi resistente a pelo menos um tipo de antimicrobianos testados. A presença desses microorganismos pode estar associada com as condições higiênico-sanitárias inadequadas.

The hygienic-sanitary and microbiological qualities of sandwiches sold by street-vendors in Londrina-PRwere assessed, and the antimicrobial susceptibility testing was carried out on isolated bacteria. Sanitaryconditions were evaluated in 47 street-vending places, and 20 samples were randomly collected for analyzingthe contamination with Aerobic mesophilic bacteria, Staphylococcus aureus, total coliforms and coliformsat 45ºC, and Salmonella. The isolated microorganisms were identified and their sensitivity to antibioticswas evaluated. The sanitary conditions were inadequate in 79.2% of the evaluated items. All sandwiches(100%) were contaminated with mesophilic bacteria, coliforms at 35ºC and fecal coliform, and 45% withE. coli. S. aureus was found in 55% of samples, and in 25% these values were higher than those allowed bylegislation. No Salmonella sp was isolated from any of the tested samples. The hygiene practices of manyfood street-vending places are not adequate, resulting in a high proportion of read-to-eat foods withmicrobiological quality unsatisfactory for consumption.

Hemólise produzida por Candida tropicalis isoladas de amostras clínicas / Hemolysis produced by Candida tropicalis isolates from clinical samples

INTRODUÇÃO: Leveduras do gênero Candida são responsáveis pela maioria das infecções fúngicas em humanos. Candida tropicalis tem sido uma das mais comumente isoladas dentre as espécies não-albicans. O objetivo foi analisar a hemólise in vitro promovida por isolados clínicos de C. tropicalis provenientes de sangue e outras amostras clínicas de pacientes internados no Hospital Universitário da UEL, PR-Brasil. MÉTODOS: Foi avaliada a hemólise promovida por 28 isolados clínicos de C. tropicalis, sendo os isolados agrupados em classes de acordo com os níveis de hemólise. RESULTADOS: A maioria dos isolados de sangue apresentou hemólise fraca (+), enquanto as classes de hemólise forte (+++) e muito forte (++++) foram as predominantes nos isolados de outras amostras clínicas como urina, lesão de unha e secreção traqueal, embora não tenham sido detectadas diferenças estatísticas (p>0,05). CONCLUSÕES: Isolados de C. tropicalis, obtidos de diferentes amostras clínicas, apresentam capacidade de promover hemólise in vitro.

INTRODUCTION: Yeasts belonging to the genus Candida are responsible for the majority of fungal infections in humans. Candida tropicalis has been one of most commonly isolated non-albicans species. To analyze in vitro hemolysis promoted by clinical isolates of C. tropicalis obtained from blood and other clinical samples from hospitalized patients at the University Hospital of Londrina State University, Paraná, Brazil. METHODS: The hemolysis promoted by 28 clinical isolates of C. tropicalis was evaluated, and the isolates were grouped into classes according to the hemolysis levels. RESULTS: The majority of the blood isolates showed weak hemolysis (+), while the classes of strong hemolysis (+++) and very strong hemolysis (++++) predominated among isolates from other clinical samples such as urine, nail lesions and tracheal secretions. However, no statistical differences were detected (p> 0.05). CONCLUSIONS: Isolates of C. tropicalis obtained from different clinical samples showed a capacity to promote in vitro hemolysis.

Estudo da incidência de amostras clínicas do gênero Candida Estudo da incidência de amostras clínicas do gênero Candida isoladas de diversos sítios anatômicos / Study of the incidence of clinical samples belonging to the genus Candida obtained from different anatomic sites

A candidíase, principal infecção fúngica do ser humano, é provocada por leveduras do gênero Candida, que fazem parte da microbiota endógena e exógena do corpo humano. O objetivo deste trabalho foi avaliar a presença das espécies de Candida spp, em diversos sítios anatômicos. Um total de 90 amostras clínicas foram isoladas em ágar Sabouraud contendo antibióticos e identificadas em meio cromogênico CHROMagar Candida ®. Deste total, 58 amostras foram provenientes de secreção vaginal, 17 de raspado de unha, 8 de escarro e 7 de raspado de pele. Das amostras de secreção vaginal, 89% corresponderam a espécie C. albicans, seguido de espécies de Candida não-albicans, sendo 5,1% de C. krusei e 1,7% de C. glabrata, C. tropicalis e Cândida sp. , individualmente. Para as amostras isoladas de raspado de pele não foi observada prevalência de C. albicans (28%). As espécies Candida não-albicans corresponderam a 70% das amostras, sendo distribuídas em C. glabrata (14%), C. krusei (28%) e demais espécies de Candida (28%). A prevalência de espécies Candida não-albicans foi também observada para as amostras isoladas de raspado de unha, sendo que 29% foram caracterizadas como C. glabrata, 23% C. krusei e Cândida sp. , individualmente e 11% de C. tropicalis. Amostras de C. albicans, isoladas neste sítio anatômico, representaram somente 11%. Em amostras obtidas de escarro foi observada somente duas espécies, com prevalência de C. albicans (75%) seguida de C. tropicalis (25%). As amostras identificadas como C. albicans em meio CHROMagar Candida ® , foram confirmadas quanto ao crescimento a 42ºC e pelo emprego da técnica de seminested PCR.

Candidiasis is the main human fungal infection caused by yeasts of the genus Candida which are part of endogenous microflora of the human body. The aim of this study was to analyze the incidence of Candida species obtained from different infection processes. A total of 90 clinical samples were isolated in Sabouraud agar supplemented with antibiotics, and identified by CHROMagar Candida ®. Among them, 58 samples were isolated from vaginal secretion, 17 samples were from nail, 8 were from sputum and 7 were from skin. From the former, 89% were identified as C. albicans, followed by non albicans species, being 5.1% C. krusei, 1.7% C. glabrata, 1.7% C. tropicalis and 1.7% Candida sp. For samples isolated from nail it was not observed prevalence of C. albicans (28%); species nonalbicans corresponded to 70% of the samples, being 14% C. glabrata, 528% C. krusei and 28% Candida sp. The prevalence of non albicans species was also observed from samples isolated from nail, being 29% C. glabrata, 23% C. krusei, 23% Candida sp and 11% C. tropicalis. C. albicans in this infection site represented only 11%. Only two species were present in samples from sputum, being 75% C. albicans and 25% C. tropicalis. Samples identified as C. albicans in CHROMagar Candida ® agar were confirmed by growth at 42ºC and by seminested PCR approach.